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从原子到大分子体系的计算机模拟
       Enrico Clementi教授是计算化学领域的开创者。60年代初,他在美国San Jose建立了IBM计算化学实验室,吸引了世界上一大批年青学者,他们后来都成为了世界各地的计算化学学术带头人。Clementi是国际上最早的几个量子化学程序编制者,其中METECC系列开源计算程序得到广泛的应用。他在1963年提出了密度泛函近似(DFA),这是最早的量子化学密度泛函研究。近几年,他与Giorgina Corongiu一道提出了一种新的量子化学波函数方法:HF-HL,即将分子轨道理论与价键理论这两种截然不同的途径进行杂化组合运算,并从中发展出“化学轨道”的概念。Clementi教授在本文中总结了他与合作者过去50年对计算化学贡献,并对整个理论计算化学领域的发展做了展望。作者非常希望该文能以中文的形式发表,他认为旧的世界需要新鲜血液,中文将是最重要的语言,因此他觉得用中文来总结自己一辈子的贡献是件有远见的事。
 

                                       帅志刚、马中云、张天、尚远

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  从原子到大分子体系的计算机模拟--计算化学50年  
   
    Enrico Clementi*, Giorgina Corongiu
   
    1. Via Carloni 38, 22100 Como, Italy;
2. Dipartimento di Scienze Chimiche e Ambientali, Università dell'Insubria, 22100 Como, Italy
   
    摘要

本文综述并修订了从20世纪50年代末至今,我们在计算化学领域所做的一些有意义的工作。序言部分把我们的工作置于当代科学的背景之下。然后我们以一种经典的基准测试体系--一种新的单粒子表象(即替代传统的原子和分子自旋轨道的化学自旋轨道)所构建的氢分子(H2)波函数--作为开始。用Hartree-Fock-Heitler-London (HF-HL)对从双原子分子到小的多原子分子进行计算所得的结果,与用传统的Hartree-Fock (HF)和Heitler-London (HL)计算的结果进行了对比;我们推断出,使用HF-HL水平的解决方案是计算量子化学的一个通用而且合理的选择。此外,我们也指出用化学自旋轨道构建的波函数,与HF-HL模型所得的波函数是等同的。除了这些计算之外,我们还对相关能、威格纳(Wigner)和库仑空穴(Coulomb Hole)泛函进行了评判性分析。上述研究工作是Hartree-Fock早期工作的继承与发展,这一时期以对原子和分子体系的先驱性计算为特征,包括基组优化、在HF和后HF(post Hartree-Fock)方法水平上的原子能量表格化以及用超级分子方法获得势能面。但是,要处理大分子体系并清楚地考察温度和时间,我们必须改用统计方法;我们回顾了用蒙特卡罗(Monte Carlo)、分子动力学和朗之万(Langevin)动力学,首先针对平衡的体系,而后在非平衡的开放体系中的模拟。对把这些模型联合起来建立的全局模拟法,也进行了详细的讨论。以上所有的工作既需要计算机硬件,也需要应用于计算化学各分支的程序。本文重温了过去半个世纪中人们编写、存档、免费发布的量子化学原子和分子程序以及统计力学程序。也回顾了上世纪80年代初,我们在设计和组装并行性超级计算机架构方面所做的先驱性工作,这些工作实现了计算化学上的第一个大规模并行计算。

目录
1 引言:我们在哪儿
2 从量子力学到早期量子化学
3 氦原子和氢分子
4 化学轨道波函数ΨCO
5 从HF和HL到HF-HL方法的分子计算比较
6 HF-HL和化学自旋轨道模型的波函数
7 密度泛函近似(DFA):获得相关能的一个实用方法
8 Wigner方案的演化
9 原子与分子中的库仑空穴近似
10 相关能的分解
11 从原子扩展到分子 (1950-1965)
12 原子和分子的基组
13 相互作用分子的势能面
14 从小分子的量子力学到大体系:包含时间、温度和溶剂的能量预测
15 从分子动力学到微动力学
16 并行计算机架构
17 全局模拟
18 结论

 

 



发布日期: 2011-12-03    访问总数: 1016