English
往期目录
新闻公告
More
化学进展 1999, Vol. 11 Issue (04): 367- 前一篇   后一篇

• 综述与评论 •

生物大分子体系量子化学计算方法新进展

陈凯先;嵇汝运;朱维良;蒋华良;曹阳   

  1. 苏州大学化学系;中科院上海药物所
  • 收稿日期:1998-08-01 修回日期:1999-01-01 出版日期:1999-11-24 发布日期:1999-11-24
  • 通讯作者: 蒋华良;陈凯先
下载PDF ( 2079 ) 引用
导出 被引次数 ( 86 | 3 )

New Advances in Quantum Chemistry Calculation Methods of Biomacromolecular System

Zhu Weiliang;Jiang Hualiang;Chen Kaixian;Ji Ruyun;Cao Yang   

  1. State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica,Chinese Academy of Sicences, Shanghai 200031, China Department of Chemistry, Suzhou University, Suzhou 215006, China"
  • Received:1998-08-01 Revised:1999-01-01 Online:1999-11-24 Published:1999-11-24
  • Contact: Jiang Hualiang;Chen Kaixian

本文就近年来报道的4 种研究生物大分子体系的量子化学计算方法(计算显微镜方法、定域分子轨道方法、线性标度半经验量子化学方法和并行算法) 作了较为详细的介绍, 并展望了该领域的研究前景。

关键词： 量子化学, 生物大分子, 计算方法

Four new quantum chemistry calculation methods (computational microscope, localized molecular orbitals, linearscaling semiempirical quantum chemistry and parallel calculation method) which can be applied to study biomacromolecular systems were reviewed in this paper. The perspective of these methods was also discussed.

Key words: quantum chemistry, biomacromolecular system, calculation methods

中图分类号: 

()

[1 ] Hehre W J , Radom L , Pople J A , Ab Initio Molecular Orbital Theory , John Wiley & Sons, New York, 1986.
[2 ] Parr R G, Yang W , Density -Functional Theory of Atomsand Molecules, Oxford, Oxford Univ. ,1989.
[3 ] Pople J A , Head-Gordon M , Pagharachari K, J. Chem. , Phys. , 1987, 87, 5968- 5975.
[4 ] Pople J A , Head-Gordon M , Fox D J , Krishnan R, Curtiss L A , J. Chem. Phys. , 1989, 90 (10) ,5622- 5629.
[5 ] Curtiss L A , Jones C, Trucks G W , Krishnan R, Pople J A , J. Chem. Phys. , 1990, 93 (4) , 2537- 2545.
[6 ] Curtiss L A , Krishnan R, Trucks G W , Pople J A , J. Chem. Phys. , 1991, 94 (11) , 7221—7230.
[7 ] Curtiss L A , Krishnan R, Pople J A , J. Chem. Phys. , 1993, 98 (2) , 1293—1298.
[8 ] Galli G, Parrinello M , Phys. Rev. Lett. , 1992, 69, 3547—3550.
[9 ] Li P X, Nunes R W , Vanderbilt D, Phys. Rev. , 1993, B 47, 10891—10894.
[10 ] Mauri F, Galli G, Car R, Phys. Rev. , 1994, B 50, 4316—4326.
[11 ] Ordejobn P, Drabdd D A , Grumbach M P, Martin R M , Phys. Rev. , 1993, B 48, 14646—14649.
[12 ] Stechel E B, Williams A P, Feibelman P J , Phys. Rev. , 1993, B 49, 10088—10101.
[13 ] Goedecker S, Colombo L , Phys. Rev. Lett. , 1994, B 73, 122- 125.
[14 ] Walker P D, Mezey P G, J. Am. Chem. Soc. , 1993, 115, 12423- 12430.
[15 ] Mezey P G, J. Phys. Chem. , 1995, 99, 4947- 4954.
[16 ] Bader R F W , Nguyen-Dang T T , Adv. Quantum Chem. , 1981, 14, 63- 124.
[17 ] Bader R F W , Acc. Chem. Res. , 1985, 18 (1) , 9- 15.
[18 ] Chang C, Bader R FW , J. Phys. Chem. , 1992, 96, 1654- 1662.
[19 ] Pichon-Pesme V , Lecomte C, Wiest R, Benard M , J. Am. Chem. Soc. , 1992, 114, 2713- 2715.
[20 ] Stewart J J P, Int. J. Quantum Chem. , 1996, 58 (2) , 133- 146.
[21 ] Stewart J J P, J. Comput.-Aided Mol. Des. , 1990, 4 (1) , 1- 105.
[22 ] Stewart J J P, MO PAC7 Version -Manual (QCPE, Bloomington, 1993).
[23 ] Yang W , J. Mol. Struct. (TH EOCH EM ) , 1992, 87, 461- 479.
[24 ] York D M , Yang W , J. Am Chem. Soc. , 1996, 118, 10940- 10941.
[25 ] Pérez-Jorda J M , Yang W , Chem. Phys. Lett. , 1995, 241, 469- 476.
[26 ] Pérez-Jorda J M , Yang W , J. Chem. Phys. , 1996, 104, 8003- 8006.
[27 ] White C A , Johnson B G, Gill P M , Chem. Phys. Lett. , 1994, 230, 8- 16.
[28 ] Strain M C, Scuseria G E, Frisch M J , Science, 1996, 271, 51- 53.
[29 ] Yang W , Lee T S, J. Chem. Phys. , 1995, 103, 5674- 5678.
[30 ] Lee T S, York D M , Yang W , J. Chem. Phys. , 1996, 105 (7) , 2744- 2750.
[31 ] Weist R, Demuynck J , Benard M , Rohmer M , Ernenwein R, Comput. Phys. Commun. , 1991, 62,107- 124.
[32 ] Colvin M E, Whiteside R A , Schaefer H F, Methodsin Quantum Chemistry (ed. Wilson S) , Plenum Press, N Y 1989, 167.
[33 ] Jassen C L , Seidl E T , Colvin M E, ACS Symp. Ser. , 1995, 592 (Parallel Computingin Computational Chemistry ) , 47- 61.
[1] 蒋乔, 徐雪卉, 丁宝全. 纳米材料对生物凝聚态的调控[J]. 化学进展, 2020, 32(8): 1128-1139.
[2] 许颖, 高婷婷, 王启晓, 屈阳, 刘宏飞, 辛渊蓉. 高分子类型MONOLITH材料的制备技术及其作为亲和色谱固定相用于分离生物大分子的应用[J]. 化学进展, 2018, 30(8): 1112-1120.
[3] 那向明, 周炜清, 李娟, 苏志国, 马光辉. 高分子多孔微球产品的制备及其在类病毒颗粒分离纯化中的应用[J]. 化学进展, 2018, 30(1): 5-13.
[4] 潘伦, 邓强, 鄂秀天凤, 聂根阔, 张香文, 邹吉军. 高密度航空航天燃料合成化学[J]. 化学进展, 2015, 27(11): 1531-1541.
[5] 熊兴泉*, 江云兵. 可逆Diels-Alder反应[J]. 化学进展, 2013, 25(06): 999-1011.
[6] 邵锋, 陈坤, 罗志辉, 王艳君, 陆冬莲, 韩鹤友* . SERS技术在疾病诊断和生物分析中的应用[J]. 化学进展, 2012, 24(12): 2391-2402.
[7] Enrico Clementi, Giorgina Corongiu(著); 帅志刚;马中云;张天;尚远(译). 从原子到大分子体系的计算机模拟--计算化学50年[J]. 化学进展, 2011, 23(9): 1795-1830.
[8] 王东琪, Wilfred F. van Gunsteren. 锕系计算化学进展[J]. 化学进展, 2011, 23(7): 1566-1581.
[9] 邱素艳, 高森, 林振宇, 陈国南. 点击化学最新进展[J]. 化学进展, 2011, 23(4): 637-648.
[10] 王腾 蔡文生 邵学广. 环糊精的理论计算*[J]. 化学进展, 2010, 22(05): 803-811.
[11] 耿利娜,姜萍,徐建栋,车宝泉,屈锋,邓玉林. 纳米技术在毛细管电泳和微流控芯片电泳生物大分子分离中的应用* [J]. 化学进展, 2009, 21(09): 1905-1921.
[12] 刘岩岩,王雪松,张宝文. 竹红菌素类光动力药物*[J]. 化学进展, 2008, 20(09): 1345-1352.
[13] 雷永林,霍冀川,段小惠,叶旭,孙成才. 碳菁分子构效关系及其量子化学理论计算*[J]. 化学进展, 2007, 19(06): 878-883.
[14] 刘玲芝,刘志洪,何治柯,蔡汝秀. 量子点：FRET的新发展[J]. 化学进展, 2006, 18(0203): 337-343.
[15] 王振亚,郝立庆,张为俊. 二次有机气溶胶形成的化学过程*[J]. 化学进展, 2005, 17(04): 732-739.